مرکز آموزش عالی امام حسین (ع) باهدف آموزش عالی و تربیت نیروی انسانی متخصص، انجام پژوهش‌های علمی موردنیاز سپاه و کشور و هدایت علمی دانشگاه‌های علوم و فنون نیروهای پنج‌گانه سپاه در سال 1365 ه .ش در تهران توسط شورای گسترش وزارت فرهنگ و آموزش عالی وقت مورد تأیید و تصویب قرار گرفت . این مرکز در سال 1366 به‌عنوان یک دانشگاه جامع متشکل از دانشکده‌های علوم پایه، فنی و مهندسی، علوم پزشکی و علوم انسانی در سیستم آموزش عالی کشور به رسمیت شناخته شد.

 در سال 1369 همچنین دانشکده‌ای با عنوان» دانشکده علوم پایه نظامی» با توجه به نیازهای آموزشی در قانون مقررات استخدامی سپاه پیش‌بینی شد که پس از تصویب، این دانشکده نیز به مجموعه دانشگاه امام حسین (ع) رسماً اضافه گردید. از سال 65 تا 85 بر اساس نیازهای اعلام شده از سوی سپاه پاسداران و گسترش آموزش در دانشگاه، دانشکده‌هایی در دانشگاه ایجاد گردید که با روند اصلاحی و تکمیلی که وجود داشت متناسب با نیازهای سازمانی تغییراتی نیز در ساختار دانشگاه به عمل آمد. در حال حاضر دانشگاه جامع امام حسین (ع) دارای 10 دانشکده و پژوهشکده هست.

دانشگاه امام حسین(ع)از بدو تأسیس بارها افتخار داشته تا پذیرای وجود گران‌قدر امام خامنه‌ای(مدظله‌العالی)باشد. حضور معظم­ له در دانشگاه از سال 1366 در دوران ریاست جمهوری  آغاز و تا سال جاری (سال 1395) 13 مورد صورت گرفته است. اگرچه تناوب این حضور در دوره‌های گوناگون، دچار وقفه‌هایی شده ولی به فرمایش معظم له، توجه به این دانشگاه دائمی بوده است.

اهداف و مأموریت‌ها

دانشگاه جامع امام حسین(ع) باهدف تأمین نیروی انسانی متخصص سپاه و کشور فعالیت می‌نماید و شعار محوری دانشگاه جامع امام حسین(ع) درزمینهٔ آموزش دستیابی به کیفیت جامع در سطح دانشگاه‌های برتر کشور است.