مرکز ملی فضای مجازی براساس حکم مقام معظم رهبری زیر نظر شورای عالی فضای مجازی کشور تاسیس شده است.
در حکم مورخ ۱۳۹۰/۱۲/۱۷ مقام معظم رهبری آمده است:
«این شورا (شورای عالی فضای مجازی) وظیفه دارد مرکزی به نام مرکز ملّی فضای مجازی کشور ایجاد نماید تا اشراف کامل و به روز نسبت به فضای مجازی در سطح داخلی و جهانی و تصمیم گیری نسبت به نحوه مواجهه فعال و خردمندانه کشور با این موضوع از حیث سخت افزاری، نرم افزاری و محتوایی در چارچوب مصوّبات شورای عالی و نظارت بر اجرای دقیق تصمیمات در همه سطوح تحقق یابد. نکات اساسی در مورد وظایف شورای عالی و مرکز ملّی فضای مجازی با تأکید بر توجه جدّی به آن، در پیوست این حکم ابلاغ میگردد.
در پایان انتظار دارم، ضمن تسریع در تشکیل مرکز ملّی فضای مجازی، رئیس و اعضای محترم شورا تلاش بایسته را در جهت دستیابی این مرکز به اهداف تعیین شده به کار برند. کلیه دستگاه های کشور موظف به همکاری همه جانبه با این مرکز می باشند.»
شورای عالی فضای مجازی به استناد حکم مقام معظم رهبری، در جلسه ششم مورخ ۱۳۹۱/۴/۳۱، اساسنامه مرکز ملی فضای مجازی را به تصویب رساند که در تاریخ ۱۳۹۱/۵/۱ باستحضار مقام معظم رهبری رسیده است.
