لایحه ­ی تأسیس یک دانشگاه بین المللی اسلامی در دی ماه سال 1362 در مجلس شورای اسلامی ایران به تصویب رسید و دانشگاه با نام دانشگاه بین المللی قدس آغاز به کار نمود. در سال 1370 دانشگاه با مجتمع آموزش عالی دهخدا ادغام گردید و با نام دانشگاه بین المللی امام خمینی رَحمَة الله عَلیه، فعالیت رسمی خود را به صورت یک دانشگاه جامع آغاز کرد. اساسنامه ­ی دانشگاه نیز در تیر ماه سال 1377در شورای عالی انقلاب فرهنگی به تصویب رسید.

ارکان دانشگاه بین المللی امام خمینی شامل هیأت امنا، رئیس دانشگاه و شورای دانشگاه است. اعضای هیأت امنای دانشگاه را، رئیس جمهور به عنوان رئیس، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری به عنوان نایب رئیس و 6 تا 8 نفر از وزیران، نمایندگان مجلس و سایر شخصیت های برجسته علمی و کشوری و همچنین استاندار قزوین تشکیل می دهند.

با گذشت دو دهه از فعالیت های چشمگیر دانشگاه در عرصه­ های آموزشی، پژوهشی و فرهنگی، در سایه ­ی توجه­ ویژه ­ی مقام معظم رهبری مبنی بر این که "دانشگاه بین المللی امام خمینی آبروی نظام است" و همچنین تأکید ریاست محترم جمهور در خصوص این که "جایگاه دانشگاه بین المللی امام خمینی(ره) باید در شأن نام بزرگ آن ارتقا یابد." دانشگاه در مسیر ارتقا و تحول قرار دارد.

در حال حاضر 7 دانشکده ­ی علوم و تحقیقات اسلامی، ادبیات و علوم انسانی، علوم اجتماعی، علوم پایه، فنی و مهندسی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، معماری و شهرسازی و مرکز آموزش زبان فارسی  در دانشگاه فعال می باشند و 6300 دانشجوی ایرانی و 530 دانشجوی غیرایرانی در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترا و در 107 رشته­ ی تحصیلی و 260 دانشجوی غیرایرانی در دوره ­ی زبان آموزی زبان فارسی به تحصیل اشتغال دارند. دانشکده ها دارای امکانات و تجهیزات آموزشی مناسب، از جمله بیش از 60 آزمایشگاه مجهز تخصصی و کارگاه، رصدخانه، گلخانه و مزرعه­ ی تحقیقاتی، بیش از 10 پایگاه رایانه ای و سالن های همایش مستقل هستند. در مرکز آموزش زبان فارسی، تاکنون 3730 دانشجو از 90 ملیت مختلف پذیرش شده اند. این مرکز از سوی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری به عنوان تنها مرجع رسمی آموزش زبان فارسی به غیر فارسی زبانان در کشور انتخاب شده است.

تعداد 300 عضو هیأت علمی در حال تدریس و فعالیت علمی و پژوهشی در دانشگاه هستند که حدود 88 درصد از آنها دارای مرتبه ­ی علمی استادیار و بالاتر بوده و همگی در رشته های تخصصی خود جزء نخبگان علمی محسوب می شوند. علاوه بر این اعضای هیأت علمی دانشگاه دارای تألیفات، اختراعات و دستاوردهای علمی فراوانی در سطح ملی و بین المللی هستند که کسب رتبه ­ی نخست ترجمه کتاب در سال 83، کسب عنوان مقاله­ ی پراستناد سال های 2005 تا 2010 در رشته ­ی ریاضی، انتشار 334 مقاله­ ی ISI، 137 عنوان تألیف و ترجمه ­ی کتاب و ثبت 15 اختراع از سال 85 تا کنون از جمله ­ی این دستاوردها محسوب می شود.