دانشگاه سیستان و بلوچستان به عنوان دانشگاه جامع و قطب علمی منطقه جنوب شرق کشور فعالیت خود را با تاسیس رشته راه و ساختمان در سال ۱۳۵۳ در شهر زاهدان آغاز نمود و به ترتیب در سالهای ۱۳۵۶ و ۱۳۶۸ دانشکده های دریانوردی چابهار، علوم پایه و کشاورزی زابل در این دانشگاه تاسیس گردید. در سال ۱۳۷۰ بر اساس مصوبه شورای گسترش آموزش عالی ، دانشسرای عالی زاهدان با این دانشگاه ادغام گردید.

     در سالهای ۱۳۷۷ دانشگاه زابل، ۱۳۸۱ دانشگاه دریانوردی و علوم دریایی چابهار ، ۱۳۸۶ دانشگاه ولایت ایرانشهر و در سال ۱۳۹۱ مرکز آموزش عالی سراوان پس از کسب شاخص های لازم  از پیکره دانشگاه سیستان و بلوچستان جدا شدند و در قالب دانشگاه ها و مراکز آموزش عالی مستقل به فعالیت خود را ادامه دادند.

    دانشگاه سیستان و بلوچستان درسال ۱۳۸۴ به عنوان دانشگاه مادر در استان سیستان و بلوچستان توانست با احراز شاخص های لازم به جرگه دانشگاه های توسعه یافته کشور بپیوندد و از نظر تشکیلاتی در ردیف دانشگاه های رده الف کشور قرار گیرد. این دانشگاه در حال حاضر دارای ۱۶دانشکده مصوب است که از این تعداد ۱۱ دانشکده و دو پردیس دانشگاهی فعال می باشند که در ۷۰ گروه آموزشی و در سه مقطع دکتری، کارشناسی ارشد و کارشناسی در ۴۱۵ رشته گرایش دانشجو می پذیرند. مساحت کل دانشگاه  ۱۹۴ هکتار و زیر بنای مفید آن ۱۸۵۰۰۰ متر مربع است. زیر بنای در حال احداث (با میانگین ۵۰% پیشرفت فیزیکی) ۴۶۲۰۰ متر مربع و دارای بیش از ۸۰ هکتار فضای سبز که بخش عمده ای از سال به عنوان فضای مطالعه رو باز مورد استفاده دانشجویان قرار می گیرد.