پژوهشکده علوم و صنایع غذایی به عنوان یکی از مراکز پژوهشی وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری به منظور پاسخگویی به بخشی از نیازهای پژوهشی کشور (به ویژه در منطقه شمال شرق کشور)، از سال 1385 با توجه به سوابق گذشته و مزیت های منطقه ای به عنوان پژوهشکده مستقل ملی و دارای مصوبه قطعی از شورای گسترش آموزش عالی، فصل نوینی از فعالیت های خود را آغاز نمود.

سوابق فعالیت های این پژوهشکده به سال 1360 بر می گردد که در ابتدا با نام سازمان پژوهشهای علمی و صنعتی ایران- مرکز خراسان- فعالیت خود را شروع و در فاصله زمانی سالهای 1381 تا 1385 با تبدیل مراکز استانی سازمان به پارک های علم و فناوری، با نام پژوهشکده تحقیقات توسعه فناوری فعالیت خود را ادامه داده است.