در راستاي نيل به اهداف نظام مقدس جمهوري اسلامي ايران و به منظور تربيت نيروي انساني متخصص و متعهد در حوزه هاي قضايي ، آموزشي و علمي ، پس از تلاشهاي بي وقفه شهيد مظلوم آيت‌ا... دكتر بهشتي و شهيد دكتر باهنر، دانشگاه قم در اواخر سال 1358 بر اساس تصويب شوراي انقلاب اسلامي، زير نظر جامعه مدرسين حوزه علميه قم تحت عنوان «مدرسه عالي تربيتي و قضايي طلاب قم»تأسيس گرديد
و در سال 1359 رسماً اقدام به پذيرش دانشجو در دو رشته كارشناسي علوم قضايي و دبيري الهيات از بين طلاب دوره سطح حوزه علميه نمود. در سال 1364 با تأييد شورايعالي انقلاب فرهنگي علاوه بر طلاب حوزه‌هاي علميه، فارغ‌التحصيلان دروه‌هاي متوسطه نظام قديم نيز از طريق كنكور سراسري پذيرفته شدند. در ادامه فعاليتهاي آموزشي در سال 1367طي مصوبه اي، مركز تربيت مدرس دانشگاه قم با هدف تربيت اساتيد شايسته و كارآمد براي تدريس معارف اسلامي در دانشگاهها، آغاز به كار نمود.
 در تاريخ 31/3/1376 با تصويب شوراي گسترش آموزش عالي مدرسه عالي تربيتي و قضايي طلاب به «دانشگاه قم» تغيير وضعيت داد و اين مجموعه با 6 رشته در مقطع كارشناسي، 5 رشته در مقطع كارشناسي ارشد و يك رشته در مقطع دكتري تخصصي فعاليت خود را ادامه داد و اساسنامه جديد دانشگاه قم در جلسه مورخ 25/10/1378 شوراي گسترش آموزش عالي، به تصويب نهايي رسيد.و از آن پس دانشگاه قم در چارچوب مقررات وزارت علوم به فعاليت خود ادامه داد.
در مدت زمان كوتاهي تعداد رشته‌هاي دانشگاه قم رشد چشمگيري داشت. بطوريكه از 12 رشته در سال 1376 به 30 رشته در سال 1380 رسيده است، كه از اين تعداد 18 رشته در مقطع كارشناسي ، 7 رشته در مقطع كارشناسي ارشد و 5 رشته در مقطع دكتري، بوده است.
          هم‌اكنون دانشگاه قم با 7 دانشكده و مركزآموزشي، 3 مركز پژوهشي و فناوري، 34 گروه آموزشي و پژوهشي و 77 رشته تحصيلي در مقاطع كارشناسي ناپيوسته، كارشناسي، كارشناسي ارشد و دكتري تخصصي به فعاليتهاي علمي، آموزشي و فرهنگي خود ادامه مي‌دهد و در مسير رشد كمي و كيفي گام برمي‌دارد.