با تبدیل آموزشگاه عالی بهداری در سال 1328 به دانشکده پزشکی ، نخستین گام در راه تاسیس سومین دانشگاه ایران در شهر مقدس مشهد برداشته شد
در سال 1334 با صدور مجوز دیگری دانشکده ادبیات با پنج رشته جداگانه تاسیس یافت . با گسترش آموزش عالی در کشور به ترتیب دانشکده معقول و منقول (که بعدأبه الهیات تغییر نام یافت ) دانشکده علوم ، دانشکده دندانپزشکی ، دوره شبانه ، دانشکده علوم دارویی و تغذیه ، دانشکده علوم تربیتی و روانشناسی ، دانشکده کشاورزی ، دانشکده مهندسی ، مؤسسه بینایی سنجی ، دبیرستان دانشگاه و مرکز تعلیمات به مجموعه دانشگاه مشهد که ازسال 1353 به دانشگاه فردوسی تغییر نام یافته بود افزوده شد .
ضرورت گسترش آموزش پس از انقلاب اسلامی سبب شد که پس از تغییردر برخی واحدهاو تفکیک دانشگاه علوم پزشکی از دانشگاه فردوسی مشهد ، دانشکده علوم اداری و اقتصادی ، دانشکده دامپزشکی، آموزشکده کشاورزی شیروان ، دانشکده تربیت بدنی و علوم ورزشی ، دانشکده علوم ریاضی ،  پژوهشکده علوم گیاهی ، مرکز تحقیقات زمین لرزه شناسی ، کالج دانشگاه ، دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست ،و دانشکده معماری و شهرسازی و هنر اسلامی، یکی پس از دیگری به مجموعه واحدهای دانشگاه اضافه شود.

بر اساس مصوبه شورای گسترش آموزش عالی مجتمع آموزش عالی نیشابور در سال 1388 و در سال 1392 آموزشکده کشاورزی شیروان از دانشگاه فردوسی تفکیک شد .
هم اکنون دانشگاه فردوسی مشهد به عنوان سومین دانشگاه کشور از نظر قدمت پس از دانشگاه های تهران و تبریز در حال حاضر شصت و ششمین سال فعالیتش را سپری می کند.
بر اساس چشم‌انداز سند راهبردی دانشگاه فردوسی مشهد، این دانشگاه در سال 1399 یکی از دو دانشگاه برتر جامع کشور در تولید علم، نظریه پردازی و توسعه فناوری، برخوردار از جایگاه معتبر در بین 10 دانشگاه اول جهان اسلام و جزء 500 دانشگاه ممتاز جهان با هویتی اسلامی- ایرانی است.
در سال1392شمسی و 2013 میلادی، دانشگاه فردوسی مشهد بر اساس نتایج نظام رتبه‌بندی ملی ISC جایگاه سوم را در میان دانشگاه‌های جامع کشور داشته است. همچنین بر اساس نتایج نظام رتبه‌بندی بین‌المللی سایماگو، در میان دانشگاه جهان اسلام رتبه 35 و در میان دانشگا‌ه‌های جهان رتبه 727 را کسب نموده است.
نسبت دانشجویان تحصیلات تکمیلی به کل دانشجویان کمتر از ده درصد بوده که فعلا بدون لحاظ نمودن دانشجویان واحد بین الملل بیش از 35 درصد کل دانشجویان دانشگاه فردوسی مشهد را دانشجویان تحصیلات تکمیلی تشکیل می دهند.
در حال حاضر بیش از 20 هزار دانشجو در این دانشگاه مشغول به تحصیل هستند که حدود 2500 تن در مقطع  دکتری و حدود 6000 تن در مقطع کارشناسی ارشد و بقیه در مقطع کارشناسی مشغول به ادامه تحصیل هستند.
بیش از 800 نفر عضو هیات علمی در دانشگاه مشغول فعالیت هستند که بیش از 780 نفر از آنان دارای مدرک phd و بیش از 190 نفر از اعضای هیات علمی دانشگاه  دارای  رتبه استادی یا پروفسوری هستند.
از سال 1390 پردیس بین الملل دانشگاه فعالیت خود را آغاز نموده است و بیش از 1053نفر دانشجوی دکتری و بیش از 950 نفر دانشجوی کارشناسی ارشد  جذب نموده است که امیدواریم تا 5 سال آینده به حدود 5000 نفر برسد.
در طی دو سال اخیر این دانشگاه فعالیت گسترده ای در زمینه های مختلف برای پژوهش بویژه در زمینه های بیوتکنولوژی انرژی خورشیدی انرژی باد و برخی نیازهای کلیدی کشور را آغاز نموده است به طوری که در برخی از پروژه های کلان کشوری  به میزان نقش اصلی یا همکار اصلی مشغول فعالیت است که تاکنون منجر به ایجاد پژوهشگاههای هوا خورشید و بعضی از پژوهشکده های دیگر شده است.
مدیریت دانشگاه شامل : ریاست دانشگاه و معاونان آموزشی و تحصیلات تکمیلی ، پژوهش و فناوری ، اداری و مالی ، دانشجویی ، فرهنگی و اجتماعی و طرح و برنامه است که بر اساس تشکیلات سازمانی مصوب محور اصلی کلیه امور ، کارکردو اتخاذ تصمیمات دانشگاه می باشند .
همچنین نهادهای فرهنگی مانند : دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری ، جهاد دانشگاهی ، تشکلهای اسلامی دانشجویی ، هیأت علمی ، انجمن های علمی و قطب های علمی همگام با مدیریت ، دانشگاه را در انجام رسالت های خود یاری می نمایند.